肝穿刺活组织检查在明确NAFLD/NASH诊断方面具有不可替代的地位，能够确定NAFLD的严重程度(分级和分期)，为治疗和预后提供指导；能够用于NASH自然史研究，明确NASH导致的隐匿性肝硬化。需要注意的是，肝硬化阶段脂肪变性可因脂肪“耗尽”而不易见。
关于NAFLD患者肝穿刺适应证的问题，美国肝病学会（AASLD）NAFLD诊治指南中有5项推荐建议：
（1）具有NASH和进展期肝纤维化高风险的NAFLD患者，推荐行肝穿刺检查(推荐强度1,证据级别B)；
（2）伴有代谢综合征或需要通过NAFLD纤维化评分确定NASH及进展期肝纤维化的高危患者(推荐强度1,证据级别B)，应行肝穿刺活组织检查；
（3）疑似NAFLD患者合并其他慢性肝病，推荐肝穿刺活组织检查进行诊断与鉴别诊断(推荐强度1,证据级别B)；
（4）疑似NAFLD儿童患者，临床诊断不明或存在多种诊断，或应用潜在肝毒性药物进行治疗前，推荐进行肝穿刺检查(推荐强度1,证据级别B)；
（5）儿童患者NASH药物治疗之前，推荐首先行肝穿刺活组织检查以明确NASH诊断(推荐强度2,证据级别C)。
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